Die Redaktion des Rubikon arbeitet selbständig und unabhängig sowie unter Wahrung der zuvor genannten Werte und Einhaltung des Pressekodex. Sie unterliegt weder dem Einfluss von Einzelpersonen, politischen Parteien, Werbekunden, noch ökonomisch, religiös oder ideologisch orientierten Gruppen.
Jens Wernicke, linksliberal sozialisiert, hat in seiner Funktion als Herausgeber die Aufgabe, die Einhaltung des Selbstverständnisses des Magazins durchzusetzen, inhaltliche Schwerpunkte zu bestimmen und Kontroversen zwischen streitbaren Positionen zu ermöglichen und zu moderieren.
Philipp Gut, rechtslibertär sozialisiert, hat in seiner Funktion als Chefredakteur die Aufgabe, die Inhalte des Magazins tagesaktuell zu bestimmen, geeignete Autoren zu gewinnen sowie Pluralität, Aktualität und Debattenkultur sicherzustellen. Rubikon zielt darauf ab, stets das anzusprechen und zu thematisieren, was sich andere nicht einmal auszusprechen wagen. Die gesellschaftlich heikelsten Themen sind jene, die stets auch im Rubikon dargestellt werden. Kritisch reflektiert und um die sie kennzeichnenden Hintergründe, Einflüsse und Interessen ergänzt. Die Lügen der Macht werden hierbei niemals im Rahmen von Diffamierungen der handelnden Akteure, sondern stets aufgrund einer Kritik des Verhaltens, des Verschweigens und des Eigennutzes derselben thematisiert.
Im Rahmen seines Selbstverständnisses arbeitet Rubikon zensurfrei, veröffentlicht jedoch keine Positionen oder Meinungen, die diesem widersprechen.
Redaktion und Herausgeber sind an dieses Selbstverständnis gebunden. Ihre Arbeit zielt auf Pluralität. Diskurs und Debatte auf Augenhöhe sowie die Wiedererlangung von Debatten- und Konfliktfähigkeit in der Bevölkerung, ohne die wirkliche Demokratie im Sinne von Emanzipation, Vernunft, Gewaltfreiheit und Gleichberechtigung nicht möglich sind.
